Er EU's embedsapparat og spiller - i modsætning til embedsapparatet i Danmark - en politisk rolle, eftersom den både har initiativ-ret og -pligt og er traktatens vogter. Det vil sige, at det er Kommissionen, som forelægger forslag til ny EU-lovgivning for Parlamentet og Rådet og kontrollerer, om EU-reglerne overholdes. Kommissionen består af 20 generaldirektorater (DG'er), som hver især er ansvarlig for de forskellige sektorområder som for eksempel DG Erhverv og DG Miljø. Hvert general direktorat ledes af en kommissær, som er udpeget af de 15 medlemslande. Danmark har en kommissær i Europakommissionen.

Er fællesskabets lovgivende organ i samarbejde med Europa-parlamentet via den såkaldte fælles beslutningsprocedure. Rådet består af en minister fra hver af medlemsstaterne. Beslutningerne træffes på én af tre måder: I enstemmighed, med simpelt flertal eller med kvalificeret flertal. På miljøområdet træffes de fleste beslutninger med kvalificeret flertal, og det kræver, at 62 ud af de i alt 87 stemmer går ind for en beslutning i Rådet, hvis den skal gennemføres. Danmark har tre stemmer på rådsmøderne, hvor den danske miljøminister repræsenterer Danmark.

Med vedtagelsen af Amsterdam-traktaten fik Europa-parlamentet indflydelse på cirka 75% af al lovgivning indenfor EU, herunder også miljøområdet. EU-parlamentet skal nemlig godkende Rådets lovgivning via den såkaldte fælles beslutningsprocedure på alle andre områder end landbrug, fiskeri og den Økonomisk Monetære Union (euroen, med andre ord). Herudover skal Europa-parlamentet også godkende de nye kommissærer og Kommissionens årlige budget. Europa-parlamentet har i alt 626 medlemmer, hvoraf de 16 kommer fra Danmark.