Miljøprojekt, 1135 – Påvisning af patogene bakterier i vand ved anvendelse af DNA-chip-prototype og mikrobiologiske dyrkningsmetoder – Bilag A, 1 Fastlæggelse af detektionsgrænsen for den PCR-amplifikation af ribosomalt DNA, der indgår i DNA-chip-analysen

Påvisning af patogene bakterier i vand ved anvendelse af DNA-chip-prototype og mikrobiologiske dyrkningsmetoder

Bilag A

1 Fastlæggelse af detektionsgrænsen for den PCR-amplifikation af ribosomalt DNA, der indgår i DNA-chip-analysen

Billede af PCR produkter

Bilag A:

Fastlæggelse af detektionsgrænsen for 16S PCR amplifiaktionen, der indgår i DNA-chip-analysen. I dette forsøg er der tilsat en fortyndingsrække af rent Salmonella DNA til PCR. Mængden af tilsat DNA er omregnet til antal bakterie-genomer således, at der er tilsat DNA svarende til fra 10³ til 10⁸ celler.

De amplificerede PCR produkter er efterfølgende visualiseret ved agarosegelelektroforese, som illustreret på gelbilledet ovenfor. Resultatet af forsøget viser, at der kan ses PCR produkt ned til 10⁴ celler på agarosegelen, men der er sandsynligvis også PCR produkt i prøven for 10³ celler i mindre mængde, da agarosegelelektroforese ikke er en særlig følsom detektionsmetode.