Påvisning af virus i vand og toskallede bløddyr

Indholdsfortegnelse

1. Forord

2. Sammendrag

2. Summary

3. Indledning

4. Bestemmelse af virus i vand
4.1 Koncentreringsmetoder
4.1.1 Filter-adsorption-elueringsmetode
4.1.2 Ultrafiltrering
4.1.3 Filtrering gennem granuleret aktivt kul
4.1.4 PEG præcipitation
4.1.5 Organisk flokkulation
4.2 Påvisningsmetoder
4.2.1 Cellekulturer
4.2.2 EIA (enzyme immunosorbent assay)
4.2.3 Polymerase chain reaktion (PCR)
4.2.4 RT-PCR-assay. Enterovirus i grundvand
4.2.5 RT-PCR-assay. Enterovirus i flodvand og havvand
4.2.6 RT-PCR-assay. Enterovirus i spildevand
4.2.7 RT-PCR-assay. Enterovirus, hepatitis E virus
og rotavirus i drikkevand
4.2.8 RT-PCR-assay. Norwalk virus i drikkevand og spildevand
4.2.9 RT-Seminested PCR assay
4.2.10 RT-Seminested PCR assay.Enterovirus i podet drikkevand
4.2.11 RT-Seminested PCR assay. Enterovirus i overfladevand
4.2.12 RT-Seminested PCR assay. Enterovirus og hepatitis A virus i
overfladevand
4.2.13 Nested PCR asssay. Adeno-, entero- og hepatitis A virus i
spildevand og flodvand
4.3 Validering af metoder
4.4 Diskussion

5. Bestemmelse af virus i toskallede bløddyr
5.1 Introduktion.
5.1.1 Hvordan opkoncentreres virus i toskallede bløddyr
5.1.2 Hvilke toskallede bløddyr
5.1.3 Hvilke virus opkoncentreres i toskallede bløddyr
5.1.4 Virusepidemier i Danmark ved indtagelse af toskallede
bløddyr
5.1.5 Indikator
5.1.6 Viruselimination fra toskallede bløddyr
5.2 Genrelt om metoder
5.3 Molekylærbiologiske metoder
5.4 PCR tilpåvisning af virus i toskallede bløddyr
5.5 Opsummering og diskussion

6 REFERENCER

Bilag 1 Fortegnelse over databaser for litteratursøgning

Bilag 2 Metoder til opkoncentrering af virus fra vand

Bilag 3 Opkoncentreringsmetoders fordele og ulemper

Bilag 4 Opkoncentrering af virus fra vand

Bilag 5 Metoder til påvisning af virus i vand, fordele
og ulemper

Bilag 6 RT-PCR assay til påvisning af enterovirus i vand

Bilag 7 RT-seminested PCR til påvisning af enterovirus i vand

Bilag 8 Metoder til påvisning af virus i toskallede bløddyr

Bilag 9 Beskrivlese af PCR

Bilag 10 Detektion af virus i toskallede bløddyr ved RT-PCR

Bilag 11 Detektion af virus i toskallede bløddyr ved
antigen capture RT-PCR

Bilag 12 Semi-nested TR-PCR på naturligt kontaminerede
toskallede bløddyr

Bilag 13 Oversigt over metoder til påvisning af virus i
toskallede bløddyr